Dos años después del Ataque de los Clones, Anakin Skywalker y Padme Amidala se casan, la República sigue en guerra con los Separatistas de Conde Dooku, y Darth Sidious prepara un ataque decisivo para asegurarse el control de toda la galaxia. La República, con su imparable suministro de soldados clones, está ganando contra los Separatistas. Sin embargo, Dooku, decidido a no perder la guerra, ofrece una recompensa por la cabeza de cada Jedi. Cuando Anakin pasa al Lado Oscuro de la Fuerza y se une a la purga de genocidio, Obi-Wan Kenobi debe luchar para proteger a Padme y sus hijos, a la vez que se enfrenta a la trágica lucha final con su antiguo alumno.