Instrumento al servicio de la Monarquía Católica, el Santo Oficio de la Inquisición cobró un nuevo protagonismo al finalizarse el Concilio de Trento (1545-1563), Erigido en baluarte contra la penetración del protestantismo en las posesiones españolas, prosiguió al mismo tiempo la represión de las manifestaciones tardías del islam y el judaísmo peninsulares, en Sevilla en especial, donde estaban asentadas importantes comunidades de cristianos nuevos.