Álex y sus amigos, con la ayuda de los pingüinos y de los habitantes de Madagascar, reconstruyen un viejo avión para poder regresar a su casa, el zoo de Nueva York. Todo parece ir sobre ruedas hasta que el avión empieza a perder altura y se estrella en medio de la selva africana. Allí nuestros amigos se encuentran por primera vez con los de su misma especie. ¡La aventura está asegurada!