Marzouki forma parte de una estirpe de reformadores politicis tunecinos de la que forman parte, todavia en el siglo XIX, el mameluco Jayr ad-Din Pasha, impulsor de la primera constitucion tunecina, u mas recientemente Habib Burguiba, el autoritario pero laico primer presidente de la republica, que envio al exilio al padre de Marzouki, por lo que este residio en Marruecos hasta que comenzo los estudios universitarios en Francia.