Su producción científica no se ha considerado literaria, por lo que solo se publica una parte de la obra de Pérez de Moya. Estos dos volúmenes incluyen aquellas obras que pueden considerarse literarias: Comparaciones o símiles para los vicios y virtudes, y la Philosophia secreta. Ambas obras tienen sentido de conjunto por la forma en que el autor articula un doble discurso paralelo entre el plano real y la imagen con la que explica esa realidad, aunque difieren en el tipo de materias que tratan: en la primera de ellas explica la doctrina moral mediante imágenes tomadas de la vida real (ejemplos), mientras que en la Philosophia secreta utiliza el procedimiento al revés, las fábulas mitológicas (plano imaginario) encierran varios significados sobre la interpretación de la realidad (plano real).