La Tierra, año 3404. La vida en la superficie es tan peligrosa que los humanos viven en ciudades subterráneas. En Yamato, Masato y Tamami, perseguidos por la policía, huyen hacia el exterior y llegan al laboratorio del Profesor Saruta. Pero en Yamato las cosas se complican. Aleluya, el gran ordenador central que gobierna la ciudad, decide declarar la guerra a Lenguad, otra de las ciudades subterráneas, lo que ocasionaría la muerte de muchos millones de personas.