¡El joven al que se ha otorgado una máquina legendaria de alto valor histórico traspasa una línea! La noche del Festival de la Gravedad, despegan los cuatro guerreros más poderosos del Sidonia. Con el fin de impedir que los Gaunas, alienígenas con los que resulta imposible la comunicación, penetren en la nave, la capitana ordena la aceleración súbita del Sidonia sabiendo que dicha acción se saldará con una enorme cantidad de víctimas. ¡NagateTanikaze, el joven que se crio en las entrañas del Sidonia, surca el espacio con la intención de proteger a ShizukaHoshijiro, la primera chica a la que conoció en la superficie!