El núcleo central del libro es el diálogo público que el cardenal Ratzinger y el filósofo ateo Paolo Flores mantuvieron en el año 2000. En él se pasa revista —desde posiciones casi siempre opuestas— a temas interesantes, como si se puede vivir sin fe, los conflictos entre fe y razón, la Ilustración como punto de partida del racionalismo, los valores comunes entre cristianos y ateos (basados en la cultura cristiana que arranca del Nuevo Testamento), el aborto, el papado de Juan Pablo II, la caída del comunismo, la autocrítica de la Iglesia, el relativismo frente a los valores universales, los derechos humanos, la naturaleza, los ecologistas, la solidaridad… El debate va acompañado por un texto de cada participante. El del cardenal Ratzinger se centra en la crisis del cristianismo; el de Paolo Flores rebate sus tesis y sostiene la idea de que la Iglesia rechaza el diálogo, destacando las contradicciones en que incurre esta institución. Es un debate vivo, intenso, vibrante, en el que se habla con claridad y de manera directa de cuestiones controvertidas de actualidad. .